โรงเรียนบ้านหนองเม็กได้ก่อตั้งในวันที่  19 ตุลาคม 2515  โดยการนำของ นายลี  เกตุหอม   และ อาจารย์ขำ  แกมจินดา  ร่วมกับอาจารย์สุระ  วิชชานุวัติ  จัดทำหนังสือขอตั้งโรงเรียนต่อนายอำเภอตาพระยา  เปิดทำการสอนครั้งแรก  ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – ปีที่ 4

ปี พ.ศ. 2515  ทางโรงเรียนจึงได้อาคารเรียนถาวรจากงบประมาณแผ่นดิน  คือ อาคารแบบ ป.1 ข สร้างด้วยไม้ จำนวน 3 ห้องเรียน  และในปี พ.ศ. 2515 ได้บ้านพักครูอีก 1 หลัง จากเงินงบประมาณแบบกรมสามัญ
ต่อมาในปี พ.ศ. 2522 ทางโรงเรียนได้งบประมาณสร้างอาคารถาวร แบบ ป.1ก อีก 1 หลัง พร้อมบ้านพักครูแบบกรมสามัญ 1 หลัง

ปัจจุบันโรงเรียนบ้านหนองเม็กได้เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล – ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสระแก้วเขต 2  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน     กระทรวงศึกษาธิการ  โดยมีนายเพียรศักดิ์  วันแอเลาะห์  เป็นผู้บริหารสถานศึกษาคนปัจจุบัน